Zdjęcia do filmu kręcono w pobliżu elektrowni Tokaimura (Japonia).
Jest to pierwszy film, w którym skóra Godzilli ma zielony kolor.
Jako przeciwnicy Godzilli były brane pod uwagę starsze potwory: Angilas i King Caesar.
Pierwszy film z serii o Godzilli, który trafił do amerykańskich kin od "Godzilli" z 1984 roku.
Film powstał w 45. rocznicę od wyprodukowania pierwszego filmu o Godzilli. Jest zarazem pierwszym z trzeciej serii o potworze noszącą tytuł "Millenium".
Kilka miesięcy po zakończeniu zdjęć w Tokaimura (gdzie Godzilla zbliża się do elektrowni jądrowej), miał miejsce wybuch w elektrowni jądrowej 30 września 1999 r. i dwóch jej pracowników zmarło w wyniku napromieniowania. Wytwórnia Toho zdecydowała się nie usuwać z filmu sceny z Tokaimura, traktując to jako ostrzeżenie przed zagrożeniami związanymi z energetyką jądrową, podobnie jak miało to miejsce przy produkcji pierwszej Godzilla (1954).